1939年秋，許多人擔心中國會步波蘭命運的後塵，即大批紅軍開進，以「解放受壓迫的勞苦大眾」。日本的廣播也發出了關於蘇俄入侵的信息。1然而事態的發展並沒有那麼火速，但持續的蘇俄壓力仍在繼續，他們的影響力也在日益上升。因此，盛世才與蘇聯在1940年11月達成了一個條約，即所謂的「錫礦協定」。這份條約除了保證蘇聯擁有新疆礦產的「專有權」之外，它還給蘇聯人50年國民經濟的完全控制權。電廠，電力線，通信，醫院，學校，等等都歸俄國人托管。克勞斯•梅涅特（Klaus Mehnert）評論說，通過這個條約，蘇聯顯然成為了不受約束的殖民勢力。2
1940年左右，盛世才採取了完全獨立於中央政府的政策。拉蒂摩爾指出，他把這個省當作一個絕對獨立的王國來統治，坐到了最高位置的他同時還是忐忑不安疑心重重。3他的多疑自然有它的道理。除了別的以外，日本的滲透繼續深入。例如1940年日本計劃在新疆組建一個社團。4
對中國內陸而言，這個省的價值仍然在於它的地理位置，它是蘇聯轉運戰爭物資到中國的通道。「20,000隻駱駝背著軍用必需品從蘇聯穿越新疆」。5然而，1941年蘇聯與日本簽署了一份互不侵犯條約。此後，來自蘇聯的軍用物資運輸減少了，這也就降低了新疆的重要性。運輸還是沒有中斷，但規模較小。
1941年夏，德軍一直沿著蘇聯的邊境線攻打蘇聯，在這種緊張的局勢中，蘇聯人對盛世才的講話開始採取一種威脅的方式了。他們對該省北部蘇聯邊境附近的獨山子油田特別感興趣。6盛世才感覺到他的個人安全受到威脅。1942年春，一個計劃推翻盛世才，用蘇俄政權取而代之的陰謀被揭穿了。7盛世才馬上發動了一波洶湧的逮捕行動作為反擊，借此時機將來自延安臨時呆在新疆的共產黨人士也一併處死。其中毛澤東的弟弟毛澤民也被殺害。盛世才的親弟弟盛世英和他的妻子被認為是親蘇派，也成了這場肅清行動的受害者。8這次大肅清一直持續到1944年，約有80,000人被處死或投入監獄。9
1942年秋，所有蘇俄的軍事力量都投入到了對付德軍的戰鬥中了，這時盛世才發現脫離蘇聯的時機成熟了。10 10月份他給烏魯木齊的蘇聯總領事遞交了一份緊急公文，要求所有方面的蘇聯人員全部在三個月之內撤出新疆。11
接下來的幾個月被懷特（Whiting）稱為「紅色出逃」。12大批的蘇俄人現在離開了新疆。他們中不但有技術員，老師，醫生和政治及經濟顧問，而且還包括大規模的軍事單位。1937年干預進來的蘇聯軍隊一直呆到現在算是到頭了。13到1943年4月的時候，撤退結束。在撤離的時候，蘇聯所有的技術和軍事資料都要麼被隨身帶走了要麼被銷毀了。14
蘇聯人撤離之後，盛世才只握有2萬漢軍的兵力，卻要對付大量非漢族民眾。15不久以後叛亂再次爆發。1943－1944年交冬的時候，該省北部的穆斯林造反。到1944年年底的時候，「東突厥共和國」在那裡成立。16蘇俄人現在能夠重新運作他們從1940年代初開始的陰謀了，不過這一次是站在了穆斯林這邊。17共和國持續到1949年毛澤東軍隊入疆圍剿的時候。
1944年春，盛世才戳穿了烏魯木齊的另一個陰謀。許多呆在該省的國民黨官員涉嫌背後策劃一場政變。三百名國民黨人和大批其他人士被捕，其中包括許多的學生和老師。在危難時刻，盛世才再次請求蘇聯援助。他開出的條件竟然到了請求斯大林將新疆合併進蘇聯的地步。然而，斯大林不再聽信於他了。中央政府最後介入，盛世才從烏魯木齊的省主席職位被調離到重慶擔任農林部部長。新疆現在由朱紹良率領的國民軍進駐，他也成了新疆的新省主席。18現在重慶對新疆完全接管了軍事和民事控制權，像其他地方一樣新疆作為了一個省份歸入中國。19
盛世才的「出逃」並不為人所痛惜。突厥族民眾尤其憎恨他。在他掌權之年，被他投入監獄的人約10萬之眾，成千上萬的人被嚴酷拷打和處死。20然而，這些事實與他自己所說的數字並不一致。在他的辯解書中，他寫到1933至1944年間，只有1,934人被抓，213人被處死。21
1949年，盛世才隨蔣介石逃到台灣，從此消失在歷史舞臺上。後人在各方面對他有著各種各樣的評論和描述。拉蒂摩爾稱他是「變色龍」。22埃德加•斯諾（Edgar Snow）的評價正面，他指出盛世才成為了新疆眾所周知的「四月革命」的領袖，這是正式標誌新疆新紀元的開始。23 1940年的美國共和黨總統候選人文岱爾•威爾其（Wendell Wilkie）於1942年訪問過新疆。他講述說他跟盛世才有過一次交談，盛世才當時談到了關於謀殺，陰謀，間諜與反間諜的事情。一切看起來似乎有點怪異，威爾奇說。24蘇聯的官方反應也很有意思。蘇聯大百科全書對1930年代和1940年代新疆的演變做了一個概述。大百科全書說，他執政初年的時候，盛世才採取了一種進步的政策。當時他在民族大眾的影響之下。與蘇聯的商貿和文化關係很活躍。然而，1940年代初期開始他的政策變得反人民大眾，為支持蔣介石的國民黨政權做了人民的反動派。這導致北部爆發了反抗起義，1945年，國民黨官員被趕出了北部地區。25
從1940年代中期開始國民黨一支約10萬人的軍隊控制了該省的大部份。26 1945隨著蘇聯總領事館在烏魯木齊的重新開館，新疆與蘇聯的外交關係重新開啟。27美國和英國早在1943年就在那裡重開了領事館。28然而1946－1947年交冬的時候，局勢再次發生變化。國民黨軍隊開始失去對該省的控制。29事實上，他們接受的是一個不可能完成的任務，沒有能力從武力上和行政上控制這片極其廣袤的地域。1942年當蘇俄人撤出這個地方的時候，各領域都產生了一個真空，在許多情況下導致了一片混亂。幾十萬的專業技術人員離開了他們的崗位，又沒有人能替代他們。這樣一來這個地方實際上沒有了醫生。棲息了幾十萬居民的喀什葛爾在蘇聯撤走後只剩下三名能看病的醫生了。在葉爾羌，醫院都腐朽不堪了，只有幾名初級醫生呆在那裡。例如在英吉沙爆發了一場傷寒流行病，死亡了600人。人們很無助眼睜睜地看著疾病肆虐。30
直到1949年年底，毛澤東的解放軍開進該省並奪取了控制權。31在同年春季當毛澤東的軍隊在朝新疆進軍的路上時，俄羅斯人做了最後的努力企圖把該省變成他們的領土。他們建議，新疆應該宣佈獨立，然後作為一個聯邦國家加入蘇聯。32
1949年毛澤東接管該省後，成立了一個由31位成員組成的省人民民主政府，這些政府成員代表該省不同的民族。漢人獲得了2個席位，維吾爾族人（突厥人）9個席位。33維吾爾族穆斯林在政府當中的強勢地位例如加速了在戰爭中被破壞和摧毀的清真寺的重建和神廟的修復。34僅在喀什葛爾就有120所清真寺。
一開始的時候對毛澤東的抗拒強烈。對其的回應是恐怖。直到1950/51年交冬的時候，有7萬多人被處死。僅在喀什葛爾，就有1萬5千人被捕，5千多人被槍殺。恐怖導致大批人逃離新疆。15萬多的突厥人逃離，他們大部分人去了印度。35 1950年代期間蘇聯的影響力再次變得非常大。例如，在學校裡，墻上列寧和斯大林的畫像比毛澤東的還常見。36 1957年蘇聯一報刊雜誌對新疆政府主席做過一次採訪，他談到了「老新疆」與「今日新疆」的對比。他指出，社會的各個方面都有了巨大的發展。例如，教育體系有了突飛猛進的發展。「老新疆」的時候只有1所高等院校，學生只有100名。現在，有6萬1千名學生分布在135所高校裡接受高等教育。藝術和音樂正在繁榮。醫學有了高的水平。「老新疆」時幾乎沒有任何醫院。現在每個縣都有醫院和衛生站，他在採訪中說道。37
蘇聯人因這一切的發展而得到好評。上面提到的百科全書說：「1950年代…在蘇聯兄弟人民的幫助下，政治、經濟和文化領域取得了相當可觀的進步和發展。38」
1 Snow，1941，323頁。
2 Mehnert，1964，162頁。Sheng in Whiting，1958，280頁f。Clubb，1971，322頁（表示這份條約是在1939年簽訂的）Jackson，1962，58頁。
3 Lattimore，1950，73頁f
4 Whiting，1959，64頁。
5 同上，62頁。
6 Whiting，1958，84頁。
7 蔣介石，1957，101頁。
8 Clubb，1971，323頁ff。延安的共產黨人士被盛世才稱為「土匪」。（Whiting，1958，83頁）Jackson，1962，54頁。
9 Lattimore，1950，78頁。
10 Lotveit，1961/62，17頁。
11 Clubb，1972，234頁，1972，326頁。Sheng in Whiting，1958，255頁f
12 Whiting，1958，79頁ff。Hayit，1971，317頁ff
13 Lotveit，1967，15頁。蘇聯用來控制該省經濟命脈的「經管」局被關閉。（McLean，1948，132頁）
14 Clubb，1971，327頁f
15 同上，328頁。
16 Whiting，1950。100頁ff。叛亂由三個地區組成：伊犁，塔城和阿爾泰。（Whiting，1958，110頁）。Mehnert，1964，163頁。McLean說1946年的時候他在烏魯木齊看過一本出版於塔什干（蘇聯！）的書，書中把阿古柏（Jakub Beg）讚頌成是解放突厥族民眾的戰鬥大英雄。（McLean，1948，133頁）
17 Whiting，1958，100頁。
18 Clubb，1971，330頁。
19蔣介石，1957，102頁。
20 Clubb，1971，330頁。
21 Sheng in Whiting，1958，270頁。
22 Lattimore，1950，69頁。
23 Snow，1942，327頁。
24 Whiting，1948，前沿，11頁。
25 蘇聯大百科全書，卷23，column 1315 ff
26 Lattimore，1950，84頁。
27蔣介石，1957，103頁。
28 第一位美國領事就是本章中經常引用到的Edmund Clubb。
29 JRCAS，卷38，1951，80頁f。傳教士們在他們的探索之旅中感受到了這次新的動亂。
30 Davidson，1957，138頁f。在上面提到的這三個城市中，差會的醫療工作一直開展得很廣泛和深入。
31蔣介石，1951，103頁。Lotveit，1967，16頁。
32 Whiting，1958，117頁。
33 Central Asian Review，卷IV，1號，73頁，倫敦1956
34 Davidson，1957，145頁f。認為如果瑞典差會還留在新疆的話，差會宣教站也會被重建，這是一個完全荒唐的推測。差會被當局看作是外來的寄生蟲。
35 Hayit，1971，322頁f
36 同上，324頁f
37 Central Asian Review，卷VI，1號，77頁f。London，1958 這本雜誌專門有幾期登載了來自蘇俄文字資料的記述，和它們對新疆被共產黨接管前後如何演變的估計。例如見第3至第7期的文章。
38蘇聯大百科全書，卷23，column 1315 ff