对差会来说，1932年在感激和对未来的憧憬中结束了。新年的开始似乎让传教士们没有真正明白政治的走向。当然他们听见了关於暴乱和战争的谣言，但「我们没有受到动乱的太多打扰」，艾伦.世德伯格（Ellen Soderberg）说。我们远离动荡地区有40－50天的旅程。她还说在一个没有报纸的地方，民间漂浮著许多传闻，人们特别不想讲实话，相反却相当有活灵活现的想像力。40
然而，新年之后不久，局势似乎变得更明朗了。在汉城的西格丽德.劳尔森在2月3日的日记中写道，罗伯兹去那里说来自甘肃的东干人正在去往距离喀什葛尔400公里的阿克苏的路上。传教士们必须急忙做好准备撤离。最好是准备好马匹。传教士们还拜访了英国总领事Fitzmaurice，想咨询下他的意见。她写道，几天后，汉城的中国领事服毒自杀。城里一片恐慌。41在同一时间，托奎斯特也给叶尔羌写信通报了这种新局势。他建议同事们立即转往喀什葛尔，再从那里回国瑞典。42这封信让传教士们非常担惊害怕，因此罗伯兹想给他们一些定心丸，「托奎斯特真正是想用恐怖来吓你们的，不是吗？...危险还没有那么快。」43约翰.安德森或多或少也写到了同样的事情。
2月中旬做出了撤离传教士的决定。决定做出后的一个星期，传教士们就离开了喀什葛尔。离开的队伍由以下人员组成：约翰.托奎斯特，哥达.安德森，朱迪.安德森和他们的两个小孩，伊丽莎白.胡克，西格丽德.劳尔森，和两名医生赫尔曼鲁德夫妇。胡克夫人有了九个月的身孕，一路带著分娩工具箱。44来自叶尔羌的利萨.嘎斯和埃斯特.约翰森本来也在队伍当中。然而在她们去喀什葛尔的路上，改变了他们的计划。她们的马车都没有弹簧，在摇摇晃晃颠簸了一整夜之后，一大清早终於停下来想休息一下。这两位传教士於是朝彼此跑去，同时大喊出，「我们回去吧！我们不能丢下女孩之家的孩子们！」她们俩一晚上都感觉非常懊悔，现在她们回到了叶尔羌。45瑞典的报纸说「差会被吹上天了。」46
在1933年5月喀什葛尔穆斯林暴乱的时候，传教士们去了英国领事馆避难。他们被迫在那里呆了三个月。除了医疗事工以外，差传活动处於停顿状态。轮流交替的当权者下达命令，要传教士们尽力去医院和外面的战地帮忙救助。医院和宣教站所有其他的房舍最后都塞满了受伤者和惊吓过度的人。「最后他们都成为了我们的朋友」，约翰.安德森说。「我们可以信任野蛮的吉尔吉斯人。东干人带著问题来到我们这里，汉人发现我们有撒玛利亚人的仁爱。」47
夏天的某段时间局势稍微变好了一点。春天的时候被抓进监狱的基督徒现在被释放了，传教士也可以回去继续工作了。喀什葛尔从1933年秋直到1934年春这段时间是非常多变和动荡的时期，但差会没有受到新的攻击。48东干军阀马仲英将军春季到达喀什葛尔的时候他还拜访了差会。海丁对於这次造访是这样描述的，「马将军文质彬彬很有礼貌，对每个人讲话都很温和亲切。」49
1933年2月，当约翰.托奎斯特和西格丽德.劳尔森回国后，汉城的宣教站就被丢下没有传教士了。临走时，他们请差会的雇工年轻的突厥族基督徒阿卜杜拉尽他的可能留下来照看宣教站，能留多久就照看多久。50其中一位东干军司令很快就把宣教站占据作为他的总指挥部。51海丁说，在几个月的时间里汉城变成了「十足的地狱，（来自喀什葛尔）MCCS的传教士们都时刻忙於照顾伤员和穷乏的人。」52有些基督徒找到了机会在英国领事馆避难。有些人被处死了。53这期间，阿卜杜拉设法一直留在了宣教站，当托奎斯特1935年返回的时候，他还在忠心耿耿地坚守在岗位上。54
在叶尔羌，叛乱者与来自和田的东干人联合。这里的传教士也一样穿梭於医院和前线。奈斯透姆说，在仅仅一天的时间里，就要为一百来位伤员打绷带。55有一天穆斯林埃米尔Sabit Da Mullah（也称为阿卜杜拉，或「和田王」）给传教士下达命令要求立即离境。然后差会所有的药物全部被没收，传教士们还必须去教埃米尔的私人医生如何使用它们。56
不是赶走传教士了，埃米尔现在要把所有的男传教士都抓进监狱。他们摧毁了人们的宗教信仰，因此他们必须死。奈斯透姆、阿雷尔和赫曼森都被捆在了埃米尔家庭院里的一个木桩上。面对他们的是士兵们高举的枪口。然而，最后时刻这位埃米尔又改变了他的主意，并告诉他们说可以饶他们一条命，前提是他们必须在八天内离开此地。57但这一次同样没有走成。传教士们暂时住在埃米尔的家里，后来被拘禁在差会办的小女孩孤儿院里，当时院里是空的。埃米尔还拿走了阿雷尔的眼镜。艾伦.世德伯格写道，「...他看东西有点困难，因为缺少一副眼镜。」58
宣教站里现在只剩下几名女传教士了。院子里满是士兵，他们用威胁的口吻说，「事实上，我们应该砍了你们的脑袋，但我们大发慈悲只想把你们遣送回国。」当然，士兵们说，另一种可能就是她们可以留下来成为穆斯林并嫁给他们。59
在男传教士们被逮捕的同一天，所有的基督徒被关入狱。有位年纪轻轻的基督徒哈比尔（Habil）噩运降临当著所有其他人的面立即被处死了。他的命是用来杀鸡儆猴的。60接著基督徒们被严刑拷问。他们所了解到的关於差会的一切事情都逼著他们说出来。他们大多数人屈服了，否认了他们的基督教信仰，回到了伊斯兰。
如前面已经讲过的，工场上的福音传道者约瑟夫.可汗1933年春的时候正在叶尔羌工作。他也被拘留和虐待。因为他所从事的活动，他被认为是个特别危险的人物，於是被宣判钉十字架死。他在监狱里等待死刑。一些天之后，应埃米尔的命令，他被带到了瑞典的男传教士们一块。他们被命令要给出一个书面声明，需要一个会写字的人。当约瑟夫一进到房间的时候，每一个人都起身站了起来－不管是朋友还是敌人－致以最深的敬意。他的脚拖著沉重的脚镣，他的脸红肿肿的而且伤痕累累，全身都有酷刑虐待的印记。61迫害时期也在叶尔羌的娜米.特宁说约瑟夫被捆绑在监狱的桩子上。但是他的感召力如此强烈以至於所有其他囚犯都大喊说，「把他带走，否则我们都将会变成基督徒。」62最终的结果是这位埃米尔还是不敢处死身为英国公民的约瑟夫。过了一段时间后他就被释放了。
在叶尔羌差会有两个孤儿院，一个收男孩的一个收女孩的。当基督徒都被抓监的时候，孩子们一开始是被扣留在孤儿院。之后男孩子送进了一所学校。一段时间以后，他们自己得接管教学，因为他们比他们的同龄学生知道得太多了。教科书是个问题。不得不有甚么就用甚么，所以差会的歌本也成为了不止一所穆斯林学校的教科书。63女孩子们被投入了监狱或分发给了士兵。小一点孩子送进了学校或分配给了当地各个家庭。64
春季陷入困境的这几个月里，传教士们有好几次求助於叶尔羌的英国事务官即所谓的Aksal。然而他并没有提供帮助。65
夏天的时候，叶尔羌的传教士和喀什葛尔的总领事Fitzmaurice之间有密切的通信。六月初，传教士们讲述了春天时针对基督徒的大迫害，也让他知道了英国事务官告诉过要他们离境的事。他们还让总领事知道他们宁愿留下来直到新政府成立。一些天后传教士们又给总领事写了一封信再次讲到了他们的处境。他们让他知道他们现已被拘禁。快到六月底了，他们收到了总领事的回信，信中提到了Aksal的报告。据这份报告所说，传教士们被允许在叶尔羌开展医疗事工，但不允许开办学校或有任何的宗教活动。总领事接著说，「眼下，你们必须意识到，你们想在穆斯林当中开展你们的工作或重新开设你们的儿童之家是多么不可能的事情。」六月底的两封多信中传教士们一直让总领事了解到发生的一切。他们说，他们不能离开工场，直到有MCCS董事局的允许。他们说，附带提一下，事态已经明确平静下来了。他们还提到要试图让女孩们回到儿童之家。这下立刻招来领事愤怒的回信。他问道，这不是宗教活动吗。最明智的选择是将这些女孩子交回到她们父母手中。领事还指出他无法处理宗教问题。「我们自己的麻烦已经够多了，不会胡乱插手与穆斯林的宗教争端。」传教士在他们的回信中写道，他们想让她们回到最初的地方只是为了能够把孩子交回到她们的家庭。Aksal答应做这件事，但他却把她们分送给了士兵。66
夏天后期的时候，事情平静下来了。不再有基督徒被杀，那些在牢房里的也逐渐被释放。阿雷尔10月份写回国内的信说，传教士们现在正忙於给战争的受害者分发衣服和救济款。医疗保健工作也完全活跃了起来。「当时我们还暗地里为一些年轻的基督徒男孩开设了一所成人补习学校。」67
在英吉沙，叛乱或多或少地按照了其他城市的模式发展。基督徒被驱散或入狱。到1932年年底的时候，宣教站里一个传教士都没有了。有位突厥人卫生员凯雷.阿坤（Khelil Akhun）留下照看著宣教站。奇怪的是，乱局中他尽设法让自己毫发未损自由自在地活了下来。叛乱者去过那里几次，但凯雷看守好了差会的东西。在叶尔羌将传教士投入监狱的那位埃米尔阿卜杜勒也带著他的人马来到那里。如果凯雷不交代出基督徒们的名字，就威胁著要枪毙他，尽管如此，阿卜杜勒还是从他嘴里一无所获。68 1934年春阿卜杜勒死於那里的一场战乱中。杀他的敌方把他的头颅一开始是钉在宣教站的大门上，后来又挂到了集市里。69凯雷帮助伤员，独自一人在患者中实施重要的医疗工作。70有些受伤的士兵还被转运到叶尔羌的医院，奈斯透姆在那里给他们救助。71
总领事汤姆森.格罗弗（Thomson Glover）说，1933年10月他跟他的妻子一起在去往喀什葛尔就任，路上在英吉沙做了停留。宣教站变荒废了，他遗憾地报告说。72
40 Ellen S.derberg在《the Sunne Tidningen》上的文章，1934年1月18日。
41 Sigrid Larsson的日记，1933年2月3日，8日。
42 T.rnquist致信叶尔羌的传教士，1933年2月7日。
43 Roberntz致信Nystr.m，1933年2月15日。John Andersson致信Nystr.m，1933年2月13日。
44 Palmaer，1942，226页，1938，118页。Elisabeth H..k访谈，1979年8月20日。
45 Ester Johansson访谈，1973年2月27日。
46 The Stockholms Tidningen – Stockholms Dagblad，1933年3月23日。The Svenska Dagbladet，1933年3月3日。
47 SMT，1934，119页，Palmaer，1942，246页。
48 1933年秋，局势变得如此正常了，以至於传教士们有时间关顾他们自己的私人问题了。他们在考虑婚礼和婚姻的事情。上面已经讲过，沃登斯透姆如何争取获得传教士结婚的权利，但没有成功。然而在1917年，拉奎特取得了这个权利。（Sj.holm致信T.rnquist，1917年1月25日，东土耳其斯坦大会纪要，1917）。当1921年拉奎特离开宣教工场的时候，奈斯透姆被任命为婚姻的合法司仪。1926年奈斯透姆离开之后，帕姆伯格接替了这个职位。1930年代，奈斯透姆再次担任。当罗伯兹夫妇想让他们1929年的婚姻有个合法的证明时，产生了关於婚姻公告手续的问题。这事必须由上海的瑞典领事来处理。（Nystr.m致信Roberntz，1933年1月5日和19日。）领事馆的许可证只在一段时间内有效，当最后信息到达喀什葛尔的时候，时限已经超过了。所以他们又必须申请新的许可，在规定的时间里由领事重新宣布。几个月后，消息从领事馆抵达了。他们结婚的公告刊登在《中国北方日报》上（！），但因为没有听到任何异议，所以没有甚么可以阻止他们的婚姻了。（瑞典驻上海领事致信奈斯透姆，1933年10月2日）距离的遥远给传教士带来了许多的麻烦。因为必要的证件没有到来，婚礼也就不能够如期举行，罗伯兹变得不耐烦了，奈斯透姆安慰他说，他的「婚礼」可以从1929年算起了。他写道，那是他自己所应该做的。当他和他的未婚妻1911年结婚的时候喀什葛尔还没有合法证婚的人。直到许多年后奈斯透姆夫妇才最后正式结婚。他们的孩子那时都已经长大了。奈斯透姆也说他设法让喀什葛尔的婚姻在瑞典的教堂登记。（Nystr.m致信Roberntz，1933年1月5日，19日）
49 Hedin，1935，330页。
50 T.rnquist的报告，1935，5页。
51 Sigrid Larsson的日记，1933年9月28日。
52 Hedin，1935，329页。
53 The Ansgarius，1942，94页f
54 T.rnquist的报告，1935，5页。
55 Nystr.m致信斯德哥尔摩总部，1933年4月13日。关於叶尔羌暴乱的进展，参见Arell et al. Din broders blod ropar（=你兄弟的血在召唤），斯德哥尔摩，1935年。
56 The Ansgarius，1937，146页f。
57 Arell，1935，75页ff。Thomson Glover，1937，440页。Wu，1940，244页。1933－36年任英国驻喀什葛尔的总领事汤姆森.格罗弗指出，埃米尔这么快就改变决定的原因是一些印度商人的斡旋。传教士们自己认为一切都是英国的Aksakal代表他们干预的结果。然而，A. K. Wu则认为，正是埃米尔的哥哥－一位更加温和派人士－设法劝他的哥哥改变主意的。（Wu，1940，244页）
58 Ellen S.derberg在《the Sunne Tidning》上的文章，1934年2月24日。
59 同上。
60 Arell，1935，90页。
61 Ahlbert，1935，54页ff
62 The Svensk Veckotidning，1975，16页。
63 Arell访谈，1973年10月27日。
64 Arell的报告，1935
65 Arell致信董事局，1933年夏。传教士们很快发现这位事务官Aksal正与埃米尔互相勾结「以消灭我们差会」。
66 传教士致喀什葛尔英国总领事的信，1933年6月3日，6日，7月1日，21日。总领事致传教士们的信，1933年6月10日，7月4日。
67 Arell致信董事局，1933年10月16日。
68 T.rnquist的报告，1935，5页f
69 Palmaer，1942，236页。
70 T.rnquist的报告，1935，6页。
71 Nystr.m的讲述：Oroligheterna i .stturkestan（=东土耳其斯坦的动荡），19页，23页。
72 Thomson Glover，1937，440页。